Na okładce jednego z wydań „W Sieci” (Fratria) w październiku 2013 roku Tomasz Lis został przedstawiony w mundurze nazistowskim, z zakrwawionym różańcem w ręku i tytułem „Prawie jak Goebbels”. Była to zapowiedź artykułu opisującego teksty w kierowanym przez Lisa „Newsweeku” krytykujące Kościół.
Lis pozwał wydawcę i redaktora naczelnego „W Sieci” za naruszenie jego dóbr osobistych. Domagał się publikacji przeprosin w 10 mediach (oprócz „W Sieci” i wPolityce.pl także w informujących o sprawie głównych portalach internetowych, serwisach branżowych i stacjach radiowych) oraz 250 tys. zł odszkodowania dla Caritasu.
W listopadzie 2015 roku Sąd Okręgowy w Warszawie orzekł, że poprzez publikację okładki przekroczono granice wolności wypowiedzi, a porównanie Tomasz Lisa do Goebbelsa, jest mało uzasadnione, ponieważ ten drugi był nie tylko propagandzistą i manipulatorem, lecz także zbrodniarzem współodpowiedzialnym za śmierć milionów ludzi. W wyroku nakazano pozwanym zamieszczenie przeprosin wobec Lisa we „W Sieci” tygodniku (na trzeciej stronie) i na wPolityce.pl (mają być widoczne przez tydzień na stronie głównej) oraz zapłatę 20 tys. zł na cel społeczny.
Od wyroku odwołali się zarówno Tomasz Lis (chciał przeprosin także w innych mediach i wyższego odszkodowania), jak też wydawca i redaktor naczelny „W Sieci” (wnioskowali o oddalenie pozwu”). Ci drudzy argumentowali, że okładki nie należy odbierać dosłownie - była ona sprzeciwem wobec agresywnych ataków na księży i Kościół w publikacjach „Newsweeka”, które krytykował także ks. Kazimierz Sowa.
W piątek Sąd Apelacyjny w Warszawie oddali obie apelacje, uznając je za nieuzasadnione. Podtrzymał orzeczenie pierwszej instancji dotyczące naruszenia dóbr osobistych Tomasza Lisa. Zaznaczył, że odszkodowanie w wysokości 250 tys. zł mogłoby wywołać efekt mrożący wśród dziennikarzy, a publikacja przeprosin w 10 mediach byłaby nadmierna.
Prawnik „W Sieci” zapowiedział, że decyzja o wniesieniu skargi kasacyjnej zostanie podjęta po otrzymaniu pisemnego uzasadnienia wyroku. Pełnomocniczka Tomasza Lisa nie zamierza kierować takiej skargi.
