SARS-CoV-2 ma co najmniej sześć szczepów, ale wykazuje niewielką zmienność

Jak piszą autorzy publikacji z Uniwersytetu Bolońskiego we Włoszech (http://dx.doi.org/10.3389/fmicb.2020.01800), odsetek mutacji SARS-CoV-2 pozostaje niski. „Nasze wyniki są optymistyczne. Koronawirus wykazuje niewielką zmienność, około siedmiu mutacji na próbkę. A np. wirus grypy pospolitej charakteryzuje się ponad dwukrotnym współczynnikiem zmienności” - podkreślają.

Jak dodają, w Europie najbardziej rozpowszechniona jest odmiana G SARS-CoV-2, podczas gdy szczep L z Wuhan stopniowo zanika.

Badacze z Bolonii w swojej analizie wykorzystali 48 635 genomów koronawirusa wyizolowanych w laboratoriach na całym świecie. Jest to więc najobszerniejsze jak dotąd badanie związane z sekwencjonowaniem SARS-CoV-2.

„Koronawirus SARS-CoV-2 jest już przypuszczalnie zoptymalizowany pod kątem wpływu na ludzi, co wyjaśnia jego niewielkie zmiany ewolucyjne - wyjaśnia dr Federico Giorgi, koordynator badania. - Oznacza to, że opracowywane przez nas terapie, w tym szczepionka, mogą być skuteczne przeciwko wszystkim szczepom wirusa”.

Obecnie istnieje sześć szczepów koronawirusa. Oryginalnym jest szczep L, który pojawił się w Wuhan w grudniu 2019 roku. Pierwsza jego mutacja - szczep S - pojawiła się na początku 2020 roku, natomiast od połowy stycznia 2020 roku mamy dodatkowo do czynienia ze szczepami V i G. I to właśnie szczep G jest obecnie najbardziej rozpowszechniony: zmutował do szczepów GR i GH.

„Szczep G oraz powiązane z nim szczepy GR i GH są zdecydowanie najbardziej rozpowszechnione i stanowią 74 proc. wszystkich analizowanych przez nas sekwencji genów - wyjaśnia Giorgi. - Są wynikiem czterech mutacji, z których dwie dotyczą polimerazy RNA i białka Spike wirusa, które najprawdopodobniej ułatwia rozprzestrzenianie się wirusa”.

Jeśli spojrzeć na mapę koronawirusa, widać wyraźnie, że szczepy G i GR występują najczęściej w Europie, w tym we Włoszech. Szczep GH natomiast we Włoszech praktycznie nie istnieje, podczas gdy we Francji i w Niemczech jest go stosunkowo dużo. Wydaje się to potwierdzać skuteczność metod powstrzymywania ekspansji wirusa, które zastosowano w ciągu ostatnich miesięcy.

W Ameryce Północnej najczęstszy jest szczep jest GH, a w Ameryce Południowej - szczep GR. W Azji, gdzie początkowo pojawił się szczep L, rozprzestrzenianie się szczepów G, GH i GR stale rośnie. Odmiany te dotarły tu dopiero na początku marca, czyli ponad miesiąc po ich rozprzestrzenianiu się po Europie.

W skali całego świata rośnie więc częstość występowania szczepów G, GH i GR. Szczep S można znaleźć tylko na niektórych obszarach: np. w USA i Hiszpanii. Szczepy L i V stopniowo zanikają.

Oprócz wymienionych sześciu głównych odmian koronawirusa, naukowcy zidentyfikowali kilka rzadkich mutacji, które w tej chwili nie są niepokojące, ale mimo to powinny być, ich zdaniem, monitorowane.

„Rzadkie mutacje genomowe stanowią mniej niż 1 proc. wszystkich sekwencjonowanych genomów - potwierdza dr Giorgi. - Jednak je także należy zbadać i przeanalizować, aby móc zidentyfikować ich funkcje i monitorować rozprzestrzenianie się. Wszystkie kraje powinny przyczynić się do tego, udostępniając sobie nawzajem dane o sekwencjach genomu wirusa SARS-COV-2”.