Janusz Morgenstern ukończył łódzką filmówkę na wydziale reżyserii w 1954 roku. Zaczynał pracę jako asystent Wandy Jakubowskiej i Andrzeja Wajdy. Pomagał m.in. przy realizacji "Kanału" czy "Popiołu i diamentu".
Samodzielny debiut zaliczył w 1960 roku filmem "Do widzenia, do jutra". Ma na koncie m.in.: "Dwa żebra Adama", "Jowitę" , "Trzeba zabić tę miłość" czy "Życie raz jeszcze". Z pewnością największymi sukcesami twórcy były seriale telewizyjne: "Stawka większa niż życie", "Kolumbowie", "S.O.S." czy "Polskie drogi".
Przez wiele lat Janusz Morgenstern był szefem artystycznym studia filmowego "Perspektywa". Odpowiadał za produkcję filmów Andrzeja Wajdy "Korczak", "Pierścionek z orłem w koronie" i "Panna Nikt" czy Radosława Piwowarskiego "Ciemna strona Wenus".
Ostatni film "Mniejsze zło" nakręcił w 2009 roku. Pojawił się też niedawno w epizodycznej roli ojca głównej bohaterki w filmie "Uwikłanie" Jacka Bromskiego.
