Jedni zwracali uwagę na niezwykle aktualne spojrzenie na problemy Bliskiego Wschodu, inni uznali film za wielką "zapaterowską" antykatolicką prowokację.
Tłem dla opowiadanej historii jest powolny zmierzch grecko-rzymskiej cywilizacji pod wpływem oddziaływania chrześcijaństwa. Główna bohaterka filmu, grana przez Rachel Weisz charyzmatyczna uczona i filozofka Hypatia, odznaczała się otwartym spojrzeniem na kwestie religijne. Wymagała od samej siebie i swych uczniów, zarówno chrześcijan, jak i pogan, wysiłku umysłu, woli i wyrzeczeń. Pomimo iż cieszyła się powszechnym szacunkiem, została bestialsko zamordowana przez chrześcijańskie bractwo parabolanów, podburzone kazaniami patriarchy Aleksandrii, późniejszego św. Cyryla.
- Bardzo mi zależało na tym, aby nie interpretowano tego filmu jako antychrześcijańskiego. To film przeciw tym wszystkim, którzy - kiedyś lub dziś - używają przemocy, broniąc swych racji - tłumaczył reżyser w wywiadzie dla hiszpańskiego dziennika "El Pais". - Widzimy, jak kończy się jedna z najbardziej oświeconych epok, a zaczyna jedna z najmniej oświeconych - mówiła z kolei Weisz. - Wśród poetów romantycznych Hypatia była otoczona prawdziwym kultem. Widzieli w niej heroinę, która poniosła śmierć z rąk fundamentalistów.
